Bir genetik testin değeri yalnızca ne kadar geniş olduğuyla değil, doğru klinik soruya ne kadar iyi yanıt verdiğiyle belirlenir. Aşağıdaki sekmelerde her yöntemin mekanizmasını, kapsamını, yaklaşık sonuç süresini ve sınırlarını inceleyebilirsiniz.
“En kapsamlı test” her zaman “en doğru test” değildir. Klinik bulgular, aile öyküsü, yaş, örnek türü ve önceki sonuçlar birlikte değerlendirilir.
WES · Whole Exome Sequencing
Tüm ekzom sekanslama
Protein üreten gen bölgelerinin, yani ekzomun büyük bölümünü paralel olarak okur. Açıklanamayan gelişimsel gecikme, çoklu sistem bulgusu, nörolojik tablo veya ailede tekrarlayan benzer hastalık olduğunda değerlendirilebilir.
~20.000protein kodlayan genin ekzom bölgeleri
Nasıl çalışır?
DNA parçaları hazırlanır, hedeflenen ekzom bölgeleri zenginleştirilir ve NGS platformunda milyonlarca kısa okuma paralel biçimde dizilenir. Biyoinformatik analiz, varyantları referans genomla karşılaştırır.
Ne kadar sürer?
Laboratuvara ve trio analizine göre yaklaşık 3–8 hafta. Anne-baba örneklerinin birlikte incelendiği trio WES, varyantın anlamını güçlendirebilir.
Kaç hastalığa bakar?
Tek bir sabit sayı yoktur. Hastalıkla ilişkili binlerce gen ve çok sayıda varyant sınıfı değerlendirilebilir; ancak her genetik hastalık ekzomda yakalanmaz.
Önemli sınır: Ekzom; kromozomun büyük kayıp-kazanımlarını, bazı tekrar dizilerini, mitokondriyal değişiklikleri ve düzenleyici bölgeleri her zaman yeterli duyarlılıkla göstermez. Sonuç klinik bulgularla yorumlanır.
WGS · Whole Genome Sequencing
Tüm genom sekanslama
Genomun kodlayan ve kodlamayan bölgelerini birlikte ele alır. WES’e göre daha geniş bir bakış sunar; özellikle ekzom ve hedefli testlerle açıklanamayan olgularda gündeme gelebilir.
~3,2 milyarDNA bazının tamamına yakınını hedefler
Nasıl çalışır?
Genomik DNA, kısa veya uzun okuma teknolojileriyle dizilenir. Kodlayan bölgelerin yanı sıra intronlar, düzenleyici bölgeler ve bazı yapısal değişiklikler de analiz kapsamına alınabilir.
Ne kadar sürer?
Test kapsamı ve laboratuvar iş akışına göre yaklaşık 4–10 hafta. Klinik raporlama, veri miktarı nedeniyle WES’ten daha ayrıntılı olabilir.
Kaç hastalığa bakar?
Tek tek hastalık sayısından çok genomik kapsam önemlidir. Bilinen hastalık genlerinin büyük bölümü ve bazı yeni aday bölgeler araştırılabilir; yine de tüm hastalıklar dışlanamaz.
Önemli sınır: Daha geniş veri otomatik olarak kesin tanı anlamına gelmez. Bazı varyantlar teknik olarak zor yakalanır; klinik önemi belirsiz bulgular için yeniden değerlendirme gerekebilir.
NGS · Next Generation Sequencing
Sekanslama / NGS
NGS tek bir test değil, DNA’nın çok sayıda parçasını aynı anda okuyabilen teknoloji ailesidir. Gen paneli, WES ve WGS bu teknolojiyi farklı kapsamlarla kullanabilir.
5 → 5.000+panelin tasarımına göre gen kapsamı
Nasıl çalışır?
DNA parçaları çoğaltılır, dizileme sinyalleri döngüler halinde okunur ve milyonlarca veri noktası birleştirilir. Panel seçimi, klinik soruya göre dar veya geniş olabilir.
Ne kadar sürer?
Hedefli panellerde yaklaşık 2–4 hafta; kapsam, doğrulama ve raporlamaya göre değişir. Acil klinik protokoller daha kısa olabilir.
Kaç hastalığa bakar?
Panelin gen sayısına bağlıdır: kardiyomiyopati paneli birkaç düzine, nadir hastalık paneli yüzlerce veya binlerce gen içerebilir. Bu nedenle “NGS yaptırdım” tek başına kapsamı söylemez.
Önemli sınır: Panelde olmayan genler incelenmez. Negatif sonuç, panel dışındaki genetik nedenleri veya henüz anlamı bilinmeyen varyantları dışlamaz.
Karyotype · Kromozom analizi
Karyotipleme
Hücrelerin bölünme dönemindeki kromozomlarını mikroskop altında inceleyerek kromozom sayısını ve büyük yapısal değişiklikleri değerlendirir.
46kromozomun sayı ve büyük yapı özellikleri
Nasıl çalışır?
Kan, amniyon sıvısı veya başka bir örnekten hücreler kültüre edilir; kromozomlar boyanır, sıralanır ve uzman tarafından incelenir.
Ne kadar sürer?
Örneğin türüne ve hücre kültürüne göre yaklaşık 2–4 hafta. Bazı hızlı ön testler, klasik karyotipin yerini tutmadan daha erken bilgi sağlayabilir.
Kaç hastalığa bakar?
Down, Edwards, Patau, Turner ve büyük kromozom dengesizlikleri gibi durumları araştırır. Bir hastalık listesi değil, kromozom düzeyinde bir değerlendirmedir.
Önemli sınır: Küçük delesyon/duplikasyonlar, tek harf değişiklikleri ve çoğu tek gen hastalığı karyotipleme ile görülemez; gerekirse microarray veya moleküler test eklenir.
Anne kanındaki plasenta kaynaklı hücresiz DNA parçalarını analiz eden, gebelikte kullanılan bir tarama testidir. Tanı testi değildir.
≥10. haftauygun gebelik haftasında kan örneği
Nasıl çalışır?
Anne kanından ayrıştırılan hücresiz DNA’daki kromozom oranları ve seçilmiş hedefler analiz edilir. Test; gebelik haftası, fetal fraksiyon ve çoğul gebelik gibi etkenlerden etkilenir.
Ne kadar sürer?
Laboratuvara göre yaklaşık 5–10 iş günü. Sonuç “düşük risk”, “yüksek risk” veya teknik olarak yetersiz olabilir.
Kaç hastalığa bakar?
Standart paneller çoğunlukla trizomi 21, 18 ve 13 için tarama yapar; bazı paneller cinsiyet kromozomlarını ve seçilmiş mikrodelesyonları ekler. Panelden panele kapsam değişir.
Önemli sınır: Yüksek risk sonucu tanı koydurmaz; genetik danışmanlık ve uygun durumda CVS/amniyosentez gibi tanısal testlerle doğrulanır. Düşük risk sonucu da tüm genetik hastalıkları dışlamaz.
!
Testler birbirinin alternatifi değildir. Karyotipleme kromozom düzeyini, NIPT gebelikte seçilmiş kromozom risklerini, NGS tabanlı testler ise genetik varyantları farklı çözünürlüklerde inceler. Test seçimi kişiye özel genetik değerlendirme ile yapılmalıdır.